学校现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；上海市重点学科9个。上海市高校E-研究院2个；上海市教委第五期重点学科5个。

教育部高等学校重点学科（国家级重点学科）3个：

中医外科

中药学

中医内科

上海市重点学科7个：

中药学（重中之重学科）、中医内科学、中医系统实验方剂学、中医医史文献学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中医外科学