学校设有研究生学院、基础医学院、临床医学院、南溪山临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、药学院、生物技术学院、护理学院、人文社科与管理学院、公共卫生学院、继续教育学院、国际教育学院、医学检验系、口腔医学系、大学外语部及体育部等17个二级学院（系、部）；有直属附属医院1所，非直属附属医院4所，临床教学医院22所。

目前学校共有教学实践单位137个，其中临床医学院建立教学实践基地41个；药学和生物技术专业在省内外高校、大型医药企业、卫生部门、药品监督及医药公司建有稳定的教学实践基地49个；护理学院建有稳定的教学实践基地47个。校内外实习基地的建设，较好地满足了因材施教的实践教学要求。