学校设有农学与生物技术、植物保护、园林园艺、龙润普洱茶、资源与环境、烟草、动物科学技术、食品科学技术、工程技术、水利水电与建筑、经济管理、基础与信息工程、人文社会科学、外语、体育、建筑工程、职业与继续教育17个学院及思想政治理论教研部。涵盖了种植业、养殖业、水利水电、农业工程、农业经济管理等涉农学科以及部分人文社会科学学科，烟草学院和普洱茶学院是服务云南优势产业而建成的特色教学单位。